1- يحق لمجلس الشورى المركزي عزل أمير الجماعة الإسلامية إذا طرح معظم أعضاء مجلس الشورى المركزي الثقة منه وفقدانه الأهلية التي تؤهله لشغل منصب أمير الجماعة الإسلامية
2- إذا قدم ثلثي أعضاء مجلس الشورى المركزي كتابا خطيا لأمير الجماعة الإسلامية باستجوابه وطرح الثقة منه يجب على أمير الجماعة الدعوة لعقد اجتماع للمجلس لدراسة الاقتراح المقدم من أعضاء مجلس الشورى المركزي خلال شهر من استلامه الكتاب الخطي ،وفي حالة تصويت ثلثي أعضاء مجلس الشورى المركزي لصالح هذا الاقتراح وقبول أمير الجماعة لذلك،يخلو منصب الأمير فورا. ولكن في حالة عدم تمكن أمير الجماعة من قبول الطلب، يحال الموضوع إلى المجلس الوطني خلال شهر، وفي حال تصويت ثلثي أعضاء المجلس الوطني لصالح الاقتراح المقدم يخلو منصب الأمير تلقائيا وعلى رئيس المفوضية العامة للانتخابات في الجماعة أن يدعو إلى اجتماع للمجلس التنفيذي المركزي او اجتماع المجلس العملي المركزي لتنصيب أحد نواب الأمير كقائم بأعمال الأمير،أما إذا حصل أمير الجماعة الإسلامية على ثقة معظم أعضاء المجلس الوطني بمواصلة عمله كأمير للجماعة يعتبر مجلس الشورى المركزي مقدم الاقتراح بعزل أمير الجماعة الإسلامية لاغيا ولابد من إجراء انتخابات مجلس الشورى المركزي في غضون ثلاثة أشهر من حلها،ويتولى المجلس العملي أو المجلس التنفيذي مهام مجلس الشورى المركزي في هذه المدة .